协议的选择直接影响开拓者的星系寻觅效率和资源获取能力。目前可签订的主要协议包括特洛伊晶体开采协议和节点恢复协议，两者分别针对资源采集和星系修复目标。协议分为星系和星域两种类型，星系会提供明确坐标，而星域由多个相邻星系组成，需报名结束后才能观测具体信息。同盟领袖可提前为成员设定锚点区域，个人开拓者则需自行配置初始落脚点。

特洛伊晶体开采协议的核心在于通过采集特洛伊晶体换取同盟积分，但需注意晶体运输经过中也许被掠夺的风险。联络站作为晶体上缴点数量有限，需提前规划占领区域以确保资源顺利提交。高等级太空城会主动开采晶体，长期占领可大幅提高积分收益。而节点恢复协议更侧重战略协作，需通过修复星门或基础设施获取评定积分，适合偏好团队协作的玩家。

研究协议是另一重要机制，每天可签署5次，需选择研究路线和合作企业。例如木星工业的直射武器路线也许产出孢子战机等强力舰载机，安东尼奥斯的同类型研究则也许获取星云脉冲炮或战列巡洋舰蓝图。不同企业的技术路线存在明显差异，提议根据当前舰队需求定给选择，而非盲目追求稀有度。